Początki życia religijnego w Zielonej Górze sięgają drugiej połowy 1948 roku, choć pierwsi wyznawcy Kościoła Wschodniego znaleźli się bezpośrednio po zakończeniu II wojny światowej. Byli to wracający z Zachodu żołnierze, repatrianci jak również ludność wywieziona na przymusowe roboty w czasie okupacji. Repatriantem był przybyły do Zielonej Góry w 1945 roku ks. Mikołaj Proniński późniejszy pierwszy proboszcz parafii. Od pierwszych dni swojego pobytu ks. Mikołaj zbierał informacje o ewentualnych wyznawcach Kościoła Prawosławnego.
W związku z brakiem świątyni pierwsze nabożeństwa odbywały się w domach prywatnych. Z informacji archiwalnych wynika, że takie spotkania na pewno odbywały się w 1946 roku. Po przesiedleniu w 1947 roku prawosławnej ludności w ramach Akcji „Wisła" fakt posiadania własnego obiektu do celów religijnych stał się koniecznością. Przesiedlona na te tereny ludność prawosławna stała się zasadniczą bazą dla powstania i rozwoju późniejszej parafii. W związku z zaistniałą sytuacją ks. Mikołaj Proniński czynił starania o pozyskanie obiektu pod przyszłą świątynię prawosławną. Decyzją Wojewódzkiej Rady Narodowej w drugiej połowie 1948 roku został przekazany budynek opuszczonego kościoła ewangelickiego, który został zaadoptowany na cerkiew prawosławną. Pierwsze nabożeństwo w świątyni zostało odprawione 8 września 1948 roku, a 5 czerwca 1949 roku odbyła się uroczysta konsekracja odremontowanej świątyni przez ówczesnego ordynariusza wrocławskiego Biskupa Michała Kierowa.
W początkowych latach istnienia parafia liczyła ok. 200 wiernych, jednak niespokojne lata 70. oraz brak przez kilka lat stałej posługi duszpasterskiej spowodowało, że liczba diametralnie zmniejszyła się do 5 osób. W obecnym czasie parafia liczy ok. 50 wiernych i jest narodowościowo mieszana. Stanowią ją Łemkowie, Ukraińcy, Rosjanie, Białorusini, Grecy i Polacy.
Cerkiew w Zielonej Górze przez lata poddawana była wielu remontom. Została wymieniona stolarka okienna, wymieniono instalację elektryczną oraz dokonano wymiany pokrycia dachowego. Przeprowadzone zostały również kosztowne remonty wewnętrzne świątyni. Zakupiono podstawowe utensylia liturgiczne.
Wykonana inwentaryzacja techniczna w 2008 roku w związku z dużymi pęknięciami nad sklepieniami okiennymi oraz dużym zawilgoceniem ścian, stwierdziła, że świątynia nie posiada fundamentu, a jest osadzona za zaprawie wapienno-cementowej.
Prace remontowe przewidziane na lata 2010-2015 zakładają wykonanie fundamentu pod świątynią, podwyższenie i wzmocnienie murów, postawienie kopuły oraz dobudowanie nad wejściem do świątyni dzwonnicy.
Wszystkim, którzy mogą pomóc nam w realizacji tego wielkiego zadania z góry za okazaną pomoc serdeczne Bóg zapłać.
Parafia Prawosławna św. Mikołaja
Ul. Partyzantów 6
65-332 Zielona Góra
85 1140 2017 0000 4102 0311 1705